公元前，长江大量泥沙沉积于长江口，形成大小不等的沙洲，大约经过800多个春秋，至唐末，出现东洲和布洲两大洲及成群小沙洲，沙洲渐次连片。
至五代后周 显德五年（958）建县，县治设于东洲镇，名海门县。
由于长江主泓道北移，至明朝，境内大片土地坍没，坍至吕四、余东、四甲一线，县治迁于徐涧（今通州市 兴仁镇），并废县归并通州建静海乡。
清初，江流主泓道南倾，长江北岸开始涨积，涨出40多个新沙，绵亘百余里。
乾隆三十三年（1768），建江苏省海门直隶厅，设治于茅家镇。
民国元年（1912）复称海门县。
1949年，新中国成立后，海门人民护坡治坍，根除坍害，海门隶属于江苏省南通地区。
1983年实 行市管县，南通地区撤销，海门县隶于江苏省南通市。
1994年6月撤县设市，成立海门市，隶于江苏省南通市，市人民政府驻地海门镇。