海门区属长江流域范围，紧靠长江入海口，境内河网密布，水资源丰富。主要河道为人工河道，形成三横七竖的格局。三横从北向南依次为通吕运河、通启运河和海门河，为境内最主要的三条河流，均为东西走向；七竖自西向东依次为新江海河、浒通河、青龙河、圩角河、大洪河、大新河、黄家港——灵甸河，均为南北走向，境内其它小河多数呈南北走向与这七条河流平行等距分布，区域内的河道已全部连通。
海门河1976年冬按7级航道标准开挖，东起启东三和港河，西与新江海河交会，全长 37 公里，流经天补、三和、海门、麒麟、三厂、三阳等10 个乡镇，沿河建有东洲桥、海易桥、彦英桥等公路桥5座，机耕桥、人行桥 33座。
1984年12月至1985年1月进行拓宽疏浚，1988年、1990年两次分段用42套水力冲挖机组疏浚，疏浚后河底宽8米，面宽 32 米，常年可通航60 吨船舶。
西段三厂至新江海河段通航较好，常年可通航 250吨级船舶。
由于中段三厂北侧没有开通，对海门河航道整体作用发挥受到一定影响。
海门河是在特殊年代，集聚了很多海门人的汗水，从平地开挖而成的水运航道，实属不易。
海门河的开挖使得历史上的吴家镇消失了，这算整体拆迁了吧。
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