掘港成陆于春秋，初建于唐，发展于宋，繁荣于明清，绵延至今。
春秋时期的扶海洲东端即为现在的掘港。扶海洲于东晋时与大陆相连接。唐贞观元年(公元627年)全国分为十道，掘港地属淮南道广陵郡，为淮南煎盐场亭。迄今发现最早的文字记载为唐开成三年(公元838年)日本国僧人圆仁所著《入唐求法巡礼行记》一书。书中有“掘港庭(亭)沿海村”、“村内有国清寺”、“闻道扬州掘港难过”等记述。至五代时掘港已成为著名的盐场。宋代建掘港场，逐步形成集市。明清以来，客籍商人纷至沓来，经商开店，市场繁荣。清代，掘港成为盐、棉、米、茧“四白”集散中心，一度有“小扬州”之美誉。现为如东县城，是如东县政治、经济、文化的中心。
掘港地名来历自古说法不一。一说古代掘港虽地处南黄海海滨，但附近却缺少入海港口，人称“缺港”，而“缺”字为世人所忌讳，于是用同音字“掘”来代替，故名掘港；一说唐大历年间(公元766年至799年)淮南黜陟使李承建捍海堰以挡潮水。虽然“秦徒绝地脉，公能捍海波”(明万历进士冒伯麟语)，但由于天降大雨，内河水涨，不得排泄，时时酿成水灾。遂掘开捍海堰放水，潮来时则再堵上，循环往复。由此掘港之名得以传开。两说均有其充分理由，究竟如何，有待进一步考证。
总之，掘港之名，由来已久，于今至少已有一千多年的历史。其间虽有唐代的掘港亭，宋、元、明、清的掘港场，民国年间的掘港市、掘港区，解放后的掘港镇人民公社和现在的掘港镇之设置，但掘港一词却千年以来始终没有改变过。