如东水资源主要来自于地表径流、长江引水、过境水和地下水，人均占有水资源量务879立方米，就其水资源总量而言并不缺乏，但由于工农业生产的迅猛发展，加之污染日渐严重，水质性缺水情况严峻。县内九圩港、如泰运河、掘苴河几条主要骨干河道，水质都为V至超V类水，已不能直接钦用，个别指标甚至达不到农业灌溉用水标准。县内地下水也由于过量开采和不规范开采，资源越来越少。地下水位沉降迅速，有的地区开采量大，地下水位年沉降速率达到1.5米至2.0米,马塘地区已形成了20平方公里的降落漏斗,全县地下水年开采量已超过2000万立方米.
海堤是保护如东人民生命财产安全的一道屏障,近几年经过治理,部分地段已经达标,但险工险段仍然很多。挡潮涵闸也是如此，很多地方年久失修，港支长、湾曲变化大、港漕淤积严重，对排灌造成极大隐患。究其原因，是因务水利建设资金严重缺乏。据了解，过去主要采取上级拨款为重、地方筹款为为辅、农民出资出工补充的筹款的机制，而农村税费改革后，取消了”两工”和以资代劳，经费一下捉襟见肘。
而更为可怕的是，一些人严重缺乏三种意识。水事违章违法案件时有发生，以1998年为例，如东县水政监察大队就查处各类水事违法案件33起，这一数字近两年来有增无减，主要表现在非法取土、在水利工程管理范围内违章搭建、非法向河内倾倒垃圾、鱼簖泛滥成灾、沿海防护林遭严重破坏等。
二是水患意识淡薄。水是一种自然资源，因此人们便误认为老天赋予的可以自由取用，水是商品、有偿使用的意识十分淡薄。自去年起，如东开始收缴水利工程占用补偿费，但个别乡镇进展十分缓慢。