海门市原为长江口的沙岛，北部地区成陆已有一千多年历史，因以盐业为主，集镇较少。南部地区为坍而复涨地区，有300多年历史，以农业为主，集镇较多，由 于交通条件的改变，区域经济的发展，镇乡行政区划的调整，历史上较兴旺的一些集镇已衰落。经查阅民国海门县志，民国五年（1916）以来的测图，共有集镇 189个，其中坍入长江的有17个，解放初划给南通县的4个，划给启东县的36个，境内有132个（从南通县划来26个，新建江心沙农场、棉种场、叠石 桥、史家新镇、汤家镇、泰兴镇、灵甸镇、长兴工场、海永乡等集镇10个）。
海门镇（镇政府驻地原称茅家镇）：搭连镇（张北村）、张家镇（张北村）、电灌站（城兴村）、横沙镇（沙东村）、通源镇（城北居委会）、大桥镇（民生村）、吴家镇（建南村）、黄利生店（海东村）、富民镇（富三村），棉种场。
三星镇：新镇（林西村）、叠石桥（叠石村）、蚌壳镇（
天补镇：桃源镇（广丰村）、顾大成镇（建安村）、湾头镇（补南村）、兴隆镇（光荣村）。
三和镇：通海镇（兄弟村）、牛洪港镇（三南村）、小三和镇（三和村）、大兴镇（大兴村）、宋季镇（岸角村）、史家新镇（三圩村）。
德胜镇（原称坝头镇）：朝阳镇（银才村）、双豆腐店（新风村）、复兴镇（新凤村）、连元镇（李彬村）、定兴桥镇（瑞北村）、添旺镇（瑞北村）、磨框镇（瑞祥村）、天源镇（平山村）、下张家镇（金锁村）、麩皮镇（文俊村）、八字桥镇（文俊村）。
三厂镇：中兴镇（厂南村）、凉帽店（原称海星镇、孝威村）、青龙港镇（青龙港村）、骨殖甏镇（大洪村）、大洪镇（大洪村）、倪家镇（丁陆村）、下浒通 镇（汤西村）、汤家镇（汤西村）、汤家老镇（汤西村）、崇海镇（刘洪村）、袁家河镇（新丰村）、泰兴镇（鹤丰村）、泰兴老镇（刘洪村）、庙港镇（为民 村）。
常乐镇：汇流镇（文明村）、长兴镇（八烈村）、山海镇（常中村）、长来镇（常来村）、二匡镇（培才村）。
麒麟镇：长春镇（长德村）、草棚镇（麒新村）、狮子镇（麒北村）、头匡镇（麒北村）。
临江新区（原称灵甸镇）：牌位镇（立周村）、灵甸老镇（稻香村）、汲滨镇（阳应村）、普济镇（希圣村）、悦和镇（希圣村）。
悦来镇：三条桥镇（安庄村）、六匡镇（安庄村）、爬网镇（袁李村）、南悦来镇（悦南村）、十匡镇（信民村）、十二匡镇（悦南村）、锉刀镇（悦合村）、雁行桥（松林村）。
三阳镇：合福镇（同善村）、卷边桥（普新村）、南星镇（鲜行村）、庙桥镇（汉兴村）。
万年镇（原称下三和镇）：义兴镇（长征村）、陈家镇（耀昌村）。
四甲镇：头桥镇（头桥村）、二桥镇（二桥村）、余中街（余合村）、仙人镇（四扬村）、四扬坝（四扬村）、通源镇（四甲村）、合兴镇（合兴村）、八索镇（八索村）。
货隆镇：新街（新街村）、老货隆镇（货隆村）、石头镇（货隆村）、草蓬镇（货隆村）。
王浩镇（原称岸头镇）：王灶河镇（王灶河村）。
树勋镇（原称新河镇）：富安镇（启勇村）、癞疤镇（启勇村）、土地堂镇（和平村）、凤凰桥镇（凤凰村）。
余东镇：五里墩（庄烈村）。
正余镇（原称大岸桥镇）：东安桥镇（新桥村）。
包场镇：新余镇（河塘村）、乔头镇（河塘村）、十甲街（包场村）、长兴工场（幸福村）。
刘浩镇（原称六甲镇）：二甲镇（头甲村）、头甲海镇（头甲村）、轧煞镇（轧西村）、江家镇（林英村）、骑岸镇（池棚村）、池棚镇（池棚村）、拳头镇（福良村）。
滨海新区（东灶港镇）：三门闸（闸中村）。
江心沙农场
海永乡
坍入长江的有：津桥镇、黄狼镇、浒通镇、史家镇、木棚镇、圩角镇、复封镇、大脚镇、南兴镇、黄家镇、斜桥镇、青龙港老镇、长圈镇、邢家镇、协隆镇、虹桥镇、崇海老镇等。
划给南通县的集镇：大安镇、天星镇、木行头、大成镇。
划给启东县的集镇：脚跟镇、通兴镇、时和镇、龚家镇、海复镇、巴掌镇、蟠龙镇、聚星镇、眼镜镇、新安镇、九龄镇、中央镇、富安镇、富新镇、中央镇、竖 河镇、二滧镇、石驼镇、南阳村、海丰镇、川港镇、东新镇、聚隆镇、协竖镇、悦兴镇、利民镇、曹家镇、日新镇、新阳镇、聚阳镇、挂刀镇、惠阳镇、和合镇、顾 家镇、袁和镇、东昌镇。